Die Abfälle werden in der Anlieferhalle unter ständiger Überwachung durch die Mitarbeiter der Eingangskontrolle abgekippt. Durch den MBA-Betrieb werden zunächst Stoffe/Materialien aus den gemischten Siedlungsabfällen (z.B. Hausmüll, Sperrmüll, hausmüllähnlicher Gewerbeabfall) zurückgewonnen.

Mit einem Radlader werden die Abfälle auf einen Vorzerkleinerer gegeben und anschließend über Transportbänder einer Siebmaschine zugeführt.

Bei der stoffspezifischen Abfallbehandlung in der MBA Großefehn werden Abfallgemische in unterschiedliche Fraktionen getrennt. Über die Siebtrommel erfolgt die Auftrennung in eine grobe, heizwertreiche Leichtfraktion (> 40 mm) und eine feine, heizwertarme Schwerfraktion (< 40 mm).

Mit einem Magnetabscheider werden aus den durch die Siebmaschine getrennten Abfallfraktionen Eisenmetalle zurückgewonnen und der Verwertung zugeführt.

Die heizwertreiche Leichtfraktion wird anschließend in Container verladen und einer thermischen Verwertung zugeführt. In Kraftwerken substituieren diese gewonnenen Ersatzbrennstoffe (EBS) fossile Brennstoffe.

Die organikreiche Schwerfraktion wird über ein Transportband der nachfolgenden biologischen Behandlungsstufe in Rottetunneln zugeführt.

Über eine spezielle Eintragstechnik werden die Rottetunnel - 30 Stück in Großefehn - mit dem Rottegut beschickt. 6 Wochen dauert der biologische Abbauprozess der organischen Bestandteile in der Schwerfraktion unter aeroben Bedingungen. In dieser Zeit wird das Rottegut einmal umgesetzt (Tunnelwechsel).
Abgesaugte Abluft aus der Anlieferungshalle und der mechanischen Aufbereitung wird zur Belüftung der Intensivrotte eingesetzt. Im Kreislauf geführtes Prozesswasser dient der für den Rotteprozess notwendigen Befeuchtung der Rotteguts, sowie dem zusätzlichen Animpfen des Rottematerials mit den tätigen Mikroorganismen und der Temperaturregulation.

Die Abluft der Anlage wird gemäß 30. BImSchV unter anderem über eine regenerative thermische Oxidationsanlage (RTO) gereinigt. Die verunreinigte Abluft aus der Intensivrotte wird zunächst über einen Sauren Wäscher aufbereitet. Der Saure Wäscher dient der Entstaubung der Abluft und der Entfernung von Ammoniak. Die Entfernung des Ammoniaks ist unbedingt notwendig, da sich sonst durch die hohen Temperaturen (800 – 900 °C) in der Brennkammer der RTO während der anschließenden thermischen Behandlung Lachgas bilden kann.
Die gereinigte Abluft aus der RTO wird über einen Kamin geführt. Charakteristische Analysedaten der Abluft werden am Ausgang des Kamins gemessen und erfasst.
Aufgrund von Korrosionsschäden, Verblockungen der Wabensteine in beiden RTO-Linien sowie eines Feuerschadens in Linie 2 der RTO im Frühjahr 2010 bestand das Erfordernis, die Anlage schon nach 5 Jahren Betriebszeit zu erneuern. Die Neuanlage, die aufgrund ihres höheren Wirkungsgrades einen geringeren Verbrauch hat, nahm Ende April 2011 ihren vollständigen Betrieb auf.

Nach der Rotte ist die Organik des Restabfalls soweit abgebaut, dass das Deponat als Endprodukt der biologischen Behandlung auf Deponien der Klasse II abgelagert werden kann. Es gelten dabei die Ablagerungskriterien der Deponieverordnung. Das ablagerungsfähige Deponat wird verladen und auf der Ablagerungsfläche der Deponie Mansie im Ammerland eingebaut.

Die gesammelten Restabfälle gelangen zuerst in eine große Halle.

Per Radlader kommen die Abfälle dort in einen Zerkleinerer und gelangen über ein Förderband zur Siebmaschine.

Große, brennbare und kleine, biologisch abbaubare Abfälle werden in der Siebmaschine getrennt.

Ein Magnetabscheider trennt zusätzlich metallische Anteile vom Abfall. Sie kommen zur Wiederverwertung und so zurück in unseren Gebrauch.

Brennbare Restabfälle kommen zur Verwertung. Dort wird aus den Abfällen Energie gewonnen.

Über ein Förderband kommen die kleineren Teile des Restabfalls aus der großen Eingangshalle in den Rottetunnel.

In den Rottetunneln wird der Abfall in mehreren Wochen so umgewandelt, dass er auf einer Deponie gefahrlos abgelagert werden darf.

Die Luft aus der Abfallbehandlung wird gereinigt und erst dann an die Umwelt abgegeben.

Radlader füllen das so behandelte Material in LKW's um, die es zur Deponie bringen.